En el año 2000, durante presidencia de Fernando de la Rúa, un decreto cambió el nombre del INACyM por el de Instituto Nacional de Asociativismo y Economía Social (INAES), que conserva hasta hoy, sin cambiar inicialmente su estructura y atribuciones.
A comienzos de 2020, el INAES pasa a depender del Ministerio de Desarrollo Productivo; y en 2022 de la Jefatura de Gabinete de Ministros.

Fue creada a poco de asumir la presidencia Raúl Alfonsín, elevando el rango institucional de la autoridad de aplicación. La Secretaría de Acción Cooperativa dependía del Ministerio de Economía de la Nación, y se le asignó la competencia ejercida hasta entonces por el Instituto Nacional de Acción Cooperativa INAC.
En 1990, al poco tiempo de asumir la presidencia Carlos Menem, fue reemplazado en sus funciones por el INAC, esta vez como dependencia del Ministerio del Interior